La CNOP se fundó el 28 de febrero de 1943, con la dirección política de Ernesto Gallardo y Juan Gil Preciado, 320 delegados numerarios, 80 delegados fraternales y numerosos testigos de todo el país fundaron la Confederación Nacional de Organizaciones Populares. En el nacimiento de la CNOP, estaba la necesidad de representar a las clases medias urbanas en ascenso. Se buscó que el nombre de su organización proyectara eficazmente su dinámica tanto interna como externa.
Los profesionales independientes, los maestros, los pequeños industriales, los transportistas y los servidores públicos, entre muchos otros, tendrían una organización que velara por los intereses políticos de sus agremiados.
Poco después, en 1940, desapareció el sector militar y sus miembros se incorporaron al Sector Popular del PRI, lo que contribuyó significativamente a su fortalecimiento.
Al siguiente año, se constituyeron las federaciones estatales que consolidarían así, su presencia en el ámbito nacional.
Conforme se acentuaba el proceso de desarrollo económico e industrial del país, se fueron incorporando nuevas organizaciones que no encontraban cabida dentro de los sectores tradicionales del PRI, como el campesino y obrero.
Así, pasaron a engrosar sus filas, indistintamente pequeños industriales y pequeños propietarios rurales, profesionistas y comerciantes, cooperativistas, intelectuales, trabajadores al servicio del Estado y artesanos.
La CNOP revisó métodos y procedimientos, con el propósito de convertirse en una organización más representativa de la sociedad, siendo así el instrumento de la lucha política y social de los ciudadanos, que pretende servir a la propia sociedad para organizarse y pugnar por sus derechos y aspiraciones.